Контроль за исполнением Программы осуществляет Управление Федеральной службы России по контролю за оборотом наркотиков по Карачаево-Черкесской Республике, которое во взаимодействии с Антинаркотической комиссией в Карачаево-Черкесской Республике уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям, механизм реализации Программы, состав исполнителей и вносит при необходимости предложения по их изменению в Правительство Карачаево-Черкесской Республики.
Исполнители организуют преддоговорную проработку размещения заказов для государственных нужд на конкурсной основе и последующее размещение заказов с заключением договоров на выполнение конкретных мероприятий Программы.
Исполнители Программы после осуществления программных мероприятий представляют в Управление Федеральной службы России по контролю за оборотом наркотиков по Карачаево-Черкесской Республике ежеквартальные отчеты об их исполнении в установленной форме. Управление Федеральной службы России по контролю за оборотом наркотиков по Карачаево-Черкесской Республике информирует Президента и Правительство Карачаево-Черкесской Республики о ходе ее реализации. Ежегодный отчет о выполнении Программы и эффективности использования финансовых средств за год выносится на обсуждение на заседании Антинаркотической комиссии в Карачаево-Черкесской Республике.