5.1. Управление возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Президентом Карачаево-Черкесской Республики по представлению Председателя Правительства Карачаево-Черкесской Республики.
Начальник Управления одновременно по должности является:
главным государственным инспектором Карачаево-Черкесской Республики по контролю и надзору за использованием и охраной водных объектов;
главным государственным инспектором в области охраны окружающей среды.
Начальник Управления несет персональную ответственность за выполнение задач, возложенных на Управление, и осуществление им своих функций.
5.2. Начальник Управления имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Президиумом Правительства Карачаево-Черкесской Республики по представлению начальника Управления.
5.3. В период временного отсутствия начальника (в связи с болезнью, командировкой и по другим причинам) его обязанности исполняет один из заместителей начальника, который обладает правом подписи документов, в том числе финансовых документов, и правом решения текущих вопросов, возникающих в процессе деятельности Управления.
5.4. Начальник Управления:
руководит деятельностью Управления на основе единоначалия;
действует без доверенности от имени Управления, представляет его интересы в органах государственной власти, судах, других организациях, заключает договоры и соглашения, выдает доверенности;
распределяет обязанности между заместителями начальника и определяет их полномочия;
издает в пределах своей компетенции приказы и распоряжения, утверждает инструкции, дает указания по вопросам деятельности Управления и проверяет их исполнение;
утверждает положения о структурных подразделениях Управления;
вносит в Правительство Карачаево-Черкесской Республики:
предложения по штатному расписанию Управления;
проект ежегодного плана и прогнозные показатели деятельности Управления, а также отчет об их исполнении;
в соответствии с законодательством Российской Федерации и Карачаево-Черкесской Республики о государственной гражданской службе решает вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы Карачаево-Черкесской Республики в Управлении;
в установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности работников Управления, замещающих должности, не являющиеся должностями государственной гражданской службы Карачаево-Черкесской Республики;
в установленном порядке вносит на рассмотрение Правительства Карачаево-Черкесской Республики проекты законодательных и иных нормативных правовых актов по вопросам, входящим в компетенцию Управления.
5.5. В Управлении образуется коллегия в составе начальника (председатель коллегии), заместителей начальника, начальников отделов. В состав коллегии в установленном порядке могут включаться представители других республиканских органов исполнительной власти и организаций, ученые и специалисты.
Положение о коллегии и ее состав утверждаются приказом по Управлению.
5.6. Ликвидация и реорганизация Управления осуществляется по решению Президента Карачаево-Черкесской Республики в соответствии с действующим законодательством.