Основными задачами Управления являются:
2.1. Участие в разработке и формировании перспективных направлений государственной политики в области регулирования отношений охраны окружающей среды и атмосферного воздуха, водных ресурсов, обращения с отходами производства и потребления в Карачаево-Черкесской Республике в пределах компетенции, определенной федеральным законодательством.
2.2. Участие в реализации единой государственной политики в области регулирования отношений охраны окружающей среды и атмосферного воздуха, водных отношений, обращения с отходами производства и потребления на территории Карачаево-Черкесской Республики.
2.3. Разработка и реализация республиканских целевых программ, связанных с регулированием в области использования и охраны водных объектов, охраны окружающей среды и атмосферного воздуха, обращения с отходами производства и потребления.
2.4. Содействие развитию международного и межрегионального сотрудничества в сфере охраны окружающей среды и атмосферного воздуха, водных ресурсов, обращения с отходами производства и потребления.
2.5. Участие в заключении соглашений по вопросам, отнесенным к компетенции Управления.
2.6. Участие в установленном порядке в создании и обеспечении функционирования системы учета водных объектов.
2.7. Координация деятельности органов исполнительной власти республики в области охраны окружающей среды и атмосферного воздуха, водных отношений, обращения с отходами производства и потребления.
2.8. Осуществление в пределах своей компетенции государственного управления в сфере охраны окружающей среды и атмосферного воздуха, водных ресурсов, обращения с отходами производства и потребления на территории Карачаево-Черкесской Республики в соответствии с установленным законодательством порядком.