Управление в соответствии с возложенными на него задачами осуществляет следующие функции:
3.1. В области водных отношений:
3.1.1. Осуществляет права собственника (права владения, пользования и распоряжения) водных объектов, находящихся в государственной собственности Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.2. Ведет в установленном порядке учет водных объектов, находящихся в государственной собственности Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.3. Участвует в организации и осуществлении государственного мониторинга водных объектов.
3.1.4. Вносит в Правительство Карачаево-Черкесской Республики предложения об установлении и изменении ставок платы за пользование водными объектами, находящимися в государственной собственности Карачаево-Черкесской Республики, порядка расчета и взимания такой платы.
3.1.5. Участвует в разработке и реализации республиканских целевых программ по использованию и охране водных объектов или их частей, расположенных на территории Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.6. Выполняет функции уполномоченного органа, обеспечивающего осуществление следующих полномочий Российской Федерации, переданных Карачаево-Черкесской Республике:
по предоставлению водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Карачаево-Черкесской Республики, в пользование на основании договоров водопользования, решений о предоставлении водных объектов в пользование, за исключением случаев, установленных федеральным законодательством;
по осуществлению мер по охране водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Карачаево-Черкесской Республики;
по осуществлению мер по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в федеральной собственности и полностью расположенных на территории Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.7. Участвует в составлении прогнозов, разработке схем комплексного использования и охраны водных объектов, водохозяйственных балансов водных объектов на территории Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.8. Осуществляет функции администратора доходов республиканского бюджета в отношении платежей за пользование водными объектами, находящимися в государственной собственности Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.9. Участвует в деятельности бассейновых советов.
3.1.10. Организует работу по резервированию источников питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения.
3.1.11. Осуществляет меры по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в собственности Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.12. Организует в установленном порядке разработку и принимает участие в проведении противопаводковых, берегозащитных и водоохранных мероприятий.
3.1.13. Подготавливает и вносит в Правительство Карачаево-Черкесской Республики предложения и рекомендации о распределении и использовании средств республиканского бюджета на восстановление и охрану водных объектов, находящихся в собственности республики.
3.1.14. В установленном Правительством Российской Федерации порядке:
принимает решения о предоставлении в пользование водных объектов, находящихся в государственной собственности Карачаево-Черкесской Республики;
заключает договоры водопользования, в том числе в случаях, установленных Правительством Российской Федерации, организует и осуществляет проведение аукционов на право заключения договора водопользования в соответствие с действующим законодательством.
3.1.15. Готовит и передает в территориальный орган Федерального агентства водных ресурсов в Карачаево-Черкесской Республике для государственной регистрации договоры водопользования, решения о предоставлении водных объектов в пользование, иные сведения в соответствии с Порядком ведения государственного водного реестра, утвержденного Правительством Российской Федерации.
3.1.16. В установленном порядке направляет в Федеральное агентство водных ресурсов заявку на установление квоты забора (изъятия) водных ресурсов из водного объекта и сброса сточных вод в водные объекты для Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.17. Ведет учет гидротехнических сооружений, находящихся в собственности Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.18. Вносит в Правительство Карачаево-Черкесской Республики предложения об утверждении перечня объектов, подлежащих региональному государственному контролю и надзору за использованием и охраной водных объектов.
3.1.19. Вносит в Правительство Карачаево-Черкесской Республики предложения об утверждении перечня должностных лиц, осуществляющих региональный государственный контроль и надзор за использованием и охраной водных объектов.
3.1.20. В установленном порядке принимает участие в контроле за соблюдением специального режима осуществления хозяйственной и иной деятельности в водоохранных зонах, технического состояния и эксплуатации объектов водного хозяйства, находящихся в государственной собственности Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.21. В случаях, предусмотренных действующим законодательством, обращается в суд с требованием об ограничении, приостановлении и запрещении водопользования.