В последние годы подтверждается прогнозированное осложнение эпидемиологической обстановки на Северном Кавказе по природно-очаговым, особо опасным и социально-обусловленным инфекциям. Это связано с напряженной эпизоотической обстановкой в природных очагах зоонозных инфекций, образованием новой государственной границы на Кавказском направлении, "открытостью" её на большом протяжении, значительно возросшим объемом международных грузовых и пассажирских перевозок через авиа - и морские порты Юга России, активизацией религиозного паломничества по маршрутам через страны, неблагополучные по ряду особо опасных и экзотических инфекций, сложившейся социально-экономической ситуацией вследствие неконтролируемых миграционных процессов, сокращением объема государственной системы превентивных мер по ряду инфекционных заболеваний в силу крайне недостаточного финансирования территорий Северо-Кавказского региона с нестабильной социальной обстановкой.
На Северном Кавказе расположено шесть из одиннадцати известных в России природных очагов чумы. Постоянную активность проявляет Центрально-Кавказский природный очаг чумы, 32% которого расположено в Малокарачаевском и Карачаевском районах республики. В Карачаево-Черкесской Республике установлено около ста почвенных очагов сибирской язвы в 36 стационарно-неблагополучных по сибирской язве населенных пунктах, которые имеют огромный эпидпотенциал для развития инфекций животных и людей.
Высока заболеваемость туберкулезом и бруцеллезом сельскохозяйственных животных. Неблагополучные по этим инфекциям пункты находятся в Прикубанском, Зеленчукском, Усть-Джегутинском, Урупском и Адыге-Хабльском районах. Резко обострилась ситуация по зоонозным инфекциям в индивидуальных хозяйствах сельских жителей во всех районах республики.
Эпидемическая ситуация по холере в России и других сопредельных государствах остается напряженной и характеризуется регистрацией случаев на отдельных территориях. При ежегодном эпидемиологическом мониторинге за водой и илом открытых водоемов в местах массового отдыха и водопользования, сточных водах продолжают выделяться холероподобные вибрионы, а также штаммы, способные вызвать заболевание и привести к эпидемическим осложнениям ситуации.
Крайне напряженной остается ситуация по Крымской геморрагической лихорадке, лептоспирозу, туляремии, бешенству на сопредельных территориях Ставропольского края. На территории Карачаево-Черкесской Республики в Прикубанском районе обнаружен природный очаг Крымской геморрагической лихорадки. Остается актуальной проблема профилактики и борьбы с туляремией, бешенством, лептоспирозом.
Реальная социально-экономическая обстановка в регионе Северного Кавказа характеризуется многими факторами, которые объективно осложняют реализацию мероприятий санитарно-эпидемиологического, ветеринарного и фито-санитарного надзора: суверенизация территорий и разрыв деловых связей в структурах противоэпидемической и ветеринарной службы, все возрастающие миграции населения (беженцы, неконтролируемый коммерческий туризм на неблагополучные по чуме территории республики, религиозное паломничество, передислокация военных формирований), работы по обустройству новой южной государственной границы Российской Федерации, коренные хозяйственные преобразования (переход в частное владение предприятий по производству, переработке и реализации населению продуктов питания с использованием нестандартных и малоконтролируемых технологий, развитие прибыльных промыслов по заготовке и обработке природного сырья, рост занятости населения в личных хозяйствах, в связи с чем возрастают контакты с природными очагами зоонозных заболеваний).
Все это требует неотложной концентрации усилий всех заинтересованных ведомств, административных территорий с целью обеспечения эпидемиологического благополучия по особо опасным и природно-очаговым инфекциям в Карачаево-Черкесской Республике и в целом на Северном Кавказе, охраны территории от завоза и распространения особо опасных инфекционных заболеваний у людей, животных и растений, а также токсических веществ.