Управление в соответствии с возложенными на него задачами осуществляет следующие функции:
3.1. В области водных отношений:
3.1.1. Осуществляет права собственника (права владения, пользования и распоряжения) водных объектов, находящихся в государственной собственности Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.2. Утратил силу. - Указ Главы Карачаево-Черкесской Республики от 14.05.2014 N 86.
3.1.3. Участвует в организации и осуществлении государственного мониторинга водных объектов.
3.1.4. Вносит в Правительство Карачаево-Черкесской Республики предложения об установлении и изменении ставок платы за пользование водными объектами, находящимися в государственной собственности Карачаево-Черкесской Республики, порядка расчета и взимания такой платы.
3.1.5. Участвует в разработке и реализации государственных программ по использованию и охране водных объектов или их частей, расположенных на территории Карачаево-Черкесской Республики.
(в ред. Указа Главы Карачаево-Черкесской Республики от 14.05.2014 N 86)
3.1.6. Выполняет функции уполномоченного органа, обеспечивающего осуществление следующих полномочий Российской Федерации, переданных Карачаево-Черкесской Республике:
по предоставлению водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Карачаево-Черкесской Республики, в пользование на основании договоров водопользования, решений о предоставлении водных объектов в пользование, за исключением случаев, установленных федеральным законодательством;
по осуществлению мер по охране водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Карачаево-Черкесской Республики;
по осуществлению мер по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в федеральной собственности и полностью расположенных на территории Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.7. Участвует в составлении прогнозов, разработке схем комплексного использования и охраны водных объектов, водохозяйственных балансов водных объектов на территории Карачаево-Черкесской Республики.
3.1.8. Осуществляет функции администратора доходов республиканского бюджета в отношении платежей за пользование водными объектами, находящимися в государственной собственности Карачаево-Черкесской Республики.