В соответствии с возложенными на него задачами и функциями Министерство имеет право:
4.1. Запрашивать и получать необходимую информацию по вопросам, относящимся к его компетенции, от федеральных органов исполнительной власти, исполнительных органов государственной власти Карачаево-Черкесской Республики, органов местного самоуправления и организаций независимо от их организационно-правовой формы.
4.2. Готовить, согласовывать и представлять в установленном порядке проекты нормативных правовых актов и других документов по вопросам, отнесенным к компетенции Министерства.
4.3. В установленном порядке участвовать в разработке проектов соглашений, договоров Карачаево-Черкесской Республики, в том числе с другими субъектами Российской Федерации, федеральными органами исполнительной власти, хозяйствующими субъектами по вопросам, находящимся в ведении Министерства, а также выполнять обязательства Карачаево-Черкесской Республики по данным соглашениям (договорам) в пределах компетенции Министерства.
4.4. Осуществлять контроль в пределах своей компетенции за исполнением нормативных правовых актов государственными органами республики, органами местного самоуправления, предприятиями, организациями, учреждениями, гражданами-предпринимателями без образования юридического лица.
4.5. Выступать, представлять интересы по вопросам, находящимся в ведении Министерства, в правоохранительных органах, в судах общей юрисдикции, арбитражных и третейских судах, иных государственных органах, органах местного самоуправления.
4.6. Вносить в установленном порядке предложения в проект республиканского бюджета о финансировании программ развития и улучшения здравоохранения, научно-исследовательских и научно-прикладных работ в области здравоохранения.
4.7. Подготавливать и вносить в установленном порядке предложения о создании, реорганизации и ликвидации республиканских государственных учреждений здравоохранения.
4.8. Проводить в установленном действующим законодательством порядке конкурсы на замещение вакантных должностей руководителей республиканских государственных учреждений здравоохранения.
4.9. По результатам проведенных конкурсов вносить в соответствующий уполномоченный орган представление кандидатур для назначения на должность руководителей республиканских государственных учреждений здравоохранения.
4.10. Согласовывать уставы республиканских государственных учреждений здравоохранения.
4.11. Утверждать бухгалтерскую отчетность и отчеты республиканских государственных учреждений здравоохранения.
4.12. Представлять в Правительство Карачаево-Черкесской Республики заключения по отчету республиканских государственных учреждений здравоохранения о финансово-хозяйственной деятельности.
4.13. Осуществлять в установленном порядке финансирование республиканских государственных учреждений здравоохранения, работ по развитию здравоохранения в соответствии с утвержденными целевыми программами в пределах устанавливаемых лимитов финансовых средств.
4.14. Издавать приказы по вопросам, отнесенным к компетенции Министерства, доводить их до сведения исполнителей.
4.15. Вносить в установленном порядке в Правительство Карачаево-Черкесской Республики предложения, а также самостоятельно создавать комиссии, советы и иные органы по вопросам охраны здоровья, утверждать их состав и положения о них.
4.16. Направлять материалы о нарушениях действующего законодательства в области здравоохранения в соответствующие правоохранительные и иные органы в установленном порядке.
4.17. Определять в установленном порядке задачи, функции, порядок деятельности республиканских государственных учреждений здравоохранения.
4.18. Рассматривать конфликтные ситуации, связанные с предложениями, заявлениями, жалобами граждан, и принимать по ним необходимые решения, организовывать прием граждан по вопросам, отнесенным к компетенции Министерства.
4.19. Осуществлять иные права в соответствии с действующим законодательством.