Задачами Управления являются:
2.1. Организация проведения на территории Карачаево-Черкесской Республики мероприятий по предупреждению и ликвидации болезней животных и их лечения.
2.2. Обеспечение безопасности продуктов животноводства в ветеринарно-санитарном отношении на территории Карачаево-Черкесской Республики.
2.3. Защита населения республики от болезней, общих для человека и животных, за исключением вопросов, решение которых отнесено к ведению Российской Федерации.
2.4. Охрана территории Карачаево-Черкесской Республики от заноса заразных болезней животных из других регионов Российской Федерации и иностранных государств.
2.5. Контроль за выполнением требований Закона Российской Федерации "О ветеринарии" и других законодательных актов Российской Федерации, а также Закона Карачаево-Черкесской Республики "О ветеринарии" и других нормативных правовых актов республики на территории Карачаево-Черкесской Республики в пределах своей компетенции.
2.6. Изъятие животных и (или) продуктов животноводства при ликвидации очагов особо опасных болезней животных на территории субъекта Российской Федерации с возмещением стоимости изъятых животных и (или) продуктов животноводства.