Текущее управление Программой осуществляет Министерство здравоохранения и курортов Карачаево-Черкесской Республики.
Министерство здравоохранения и курортов Карачаево-Черкесской Республики представляет в Министерство экономического развития Карачаево-Черкесской Республики и Министерство финансов Карачаево-Черкесской Республики по запросам необходимую информацию о подготовке и реализации Программы, а также ежегодно до 1 марта года, следующего за отчетным, отчет о ходе реализации Программы и использовании финансовых средств.