Ответственным за реализацию Программы является заказчик - Министерство здравоохранения и курортов Карачаево-Черкесской Республики и центр Госсанэпиднадзора в Карачаево-Черкесской Республике.
К участию в реализации Программы привлекаются Министерство образования и науки Карачаево-Черкесской Республики, Министерство Карачаево-Черкесской Республики по делам национальностей, печати и информации, Государственный комитет Карачаево-Черкесской Республики по делам молодежи.
Заказчик в ходе реализации Программы обеспечивает координацию деятельности основных исполнителей, контролирует своевременность исполнения мероприятий и целевое использование ассигнований, формирует бюджетную заявку и своевременно представляет её в Министерство финансов Карачаево-Черкесской Республики.
Основные исполнители Программы разрабатывают ежегодный план по выполнению соответствующих мероприятий Программы и осуществляют контроль за ходом их исполнения.