Управление реализацией Программы осуществляется Министерством здравоохранения и курортов Карачаево-Черкесской Республики и центром Госсанэпиднадзора в Карачаево-Черкесской Республике.
Текущее управление Программой и контроль за реализацией программных мероприятий осуществляет Министерство здравоохранения и курортов Карачаево-Черкесской Республики.
Государственный заказчик Программы осуществляет контроль за её выполнением на основе периодической отчетности основных исполнителей программных мероприятий, уделяя основное внимание целевому и эффективному использованию выделяемых средств.
Информацию о ходе реализации программных мероприятий и об эффективном использовании финансовых средств, выделенных для реализации Программы, Министерство здравоохранения и курортов Карачаево-Черкесской Республики и Центр Госсанэпиднадзора в Карачаево-Черкесской Республике ежегодно представляют в Правительство Карачаево-Черкесской Республики.