Основными целями Программы являются:
достижение и поддержание высокого уровня (не менее 95-97%) охвата профилактическими прививками детей в рамках календаря профилактических прививок, снижение и ликвидация инфекционных заболеваний, управляемых средствами вакцинации, совершенствование современной системы организационно-методического и информационно-аналитического обеспечения в области эпидемического надзора, при транспортировке и хранении медицинских иммунобиологических препаратов, проведении иммунизации.
Реализация указанных задач позволит в значительной степени улучшить в 2000-2005 годах эпидемическую ситуацию, связанную с инфекционными заболеваниями, и состояние здоровья детского населения, создать условия для обеспечения в полной мере потребности учреждений здравоохранения Карачаево-Черкесской Республики холодильниками, термоконтейнерами, разовыми шприцами, ватой и т.д.