В регулировании биологического кругооборота веществ в агросистемах, сохранении и расширении воспроизводства плодородия земель, в рамках требований обеспечения экологической безопасности центральное место занимает агрохимическая мелиорация земель. Агрохимическая мелиорация земель включает в себя агрохимические и агроэкологические обследования сельскохозяйственных угодий, по результатам которых определяются параметры и проводятся химическая мелиорация земель, внесение минеральных и органических удобрений. Подпрограммой предусматривается проведение агрохимического и токсикологического обследования на площади 504,8 тыс.га сельскохозяйственных угодий. На их основе известкование кислых почв на площади 13,4 тыс.га, гипсование солонцов на площади 8,5 тыс.га пашни, внесение 2330 тыс. тонн органических и 64,4 тыс.тонн минеральных удобрений в действующем веществе.