Организация управления Программой осуществляется Министерством сельского хозяйства Карачаево-Черкесской Республики.
Министерство сельского хозяйства Карачаево-Черкесской Республики:
координирует деятельность органов исполнительной власти республики по выполнению мероприятий Программы, обеспечивает их взаимодействие;
разрабатывает и реализует мероприятия по привлечению финансовых, кредитных, материальных и других видов ресурсов, выделяемых на обеспечение предусмотренных Программой направлений государственной поддержки;
обеспечивает текущий контроль за рациональным и целевым использованием финансовых, кредитных, материальных и других видов ресурсов, выделяемых соответствующим организациям на выполнение работ и мероприятий по реализации Программы;
обеспечивает координацию реализации Программы с другими программами, реализуемыми на территории республики;
осуществляет функции государственного заказчика товаров, работ, услуг, приобретение, выполнение или оказание которых необходимо для реализации программных мероприятий;
осуществляет полномочия главного распорядителя средств республиканского бюджета, предусмотренных на выполнение Программы;
заключает в установленном порядке государственные контракты о закупке товаров, выполнении работ и (или) оказании услуг, необходимых для реализации Программы;
является исполнителем программных мероприятий в части оказания мер государственной поддержки, предусмотренных Программой;
отчитывается о выполнении Программы посредством ежеквартального представления Президенту Карачаево-Черкесской Республики информации о полученных средствах на финансирование мероприятий Программы, эффективности использования бюджетных средств и результативности расходов на Программу.
Государственные учреждения, организации и индивидуальные предприниматели представляют в Министерство сельского хозяйства Карачаево-Черкесской Республики информацию о ходе реализации программных мероприятий, исполнителями которых они являются.
Контроль за выполнением Программы осуществляется уполномоченными в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации и Карачаево-Черкесской Республики органами государственной власти в пределах их компетенции.