Управление Подпрограммой осуществляет Министерство сельского хозяйства Карачаево-Черкесской Республики.
Министерство сельского хозяйства Карачаево-Черкесской Республики несет ответственность за реализацию программных мероприятий, обеспечивает согласованные действия по их подготовке и реализации, целевому и эффективному использованию выделенных средств, составляет и в установленном порядке представляет бюджетную заявку на ассигнования из бюджета, подготавливает информационные справки и аналитические доклады о ходе ее реализации.
В ходе выполнения Подпрограммы Министерство сельского хозяйства Карачаево-Черкесской Республики осуществляет взаимодействие с республиканскими министерствами и ведомствами, являющимися исполнителями и соисполнителями мероприятий в рамках отдельных разделов Подпрограммы.
По вопросам реализации Подпрограммы Правительством Карачаево-Черкесской Республики создается рабочая группа по социальному развитию села с включением в ее состав руководителей всех участвующих и заинтересованных в реализации Подпрограммы министерств, ведомств Карачаево-Черкесской Республики, общественных и других организаций (по согласованию).
Ежегодно до 1 марта года, следующего за отчетным, Министерство сельского хозяйства Карачаево-Черкесской Республики в установленном порядке готовит информацию о ходе реализации Подпрограммы с участием заинтересованных республиканских органов исполнительной власти.
Контроль за выполнением Подпрограммы осуществляется уполномоченными в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации и Карачаево-Черкесской Республики органами государственной власти в пределах их компетенции.