Управление реализацией Программы осуществляется Министерством здравоохранения Республики Адыгея.
Министерство здравоохранения Республики Адыгея как государственный заказчик Программы совместно с Министерством экономики Республики Адыгея, Министерством финансов Республики Адыгея и другими заинтересованными органами исполнительной власти Республики Адыгея осуществляют контроль за ее выполнением.
Ежегодно на заседаниях коллегии Министерства здравоохранения Республики Адыгея рассматриваются вопросы о ходе эффективности использования финансовых средств. Информация и доклады о ходе выполнения Программы и об использовании средств федерального бюджета и республиканского бюджета Республики Адыгея представляются в установленном порядке.