Управление формирует бюджетные заявки на финансирование Программы за счет средств республиканского бюджета Республики Адыгея и в установленном порядке представляет их в Министерство финансов Республики Адыгея.
Кроме того, Управление заключает государственные контракты на реализацию мероприятий Программы со всеми организациями, определенными на конкурсной основе в соответствии с порядком, установленным законодательством.
Общая координация хода реализации Программы осуществляется заместителем начальника Управления.
Текущее управление Программой и оперативный контроль за ходом ее реализации обеспечиваются отделом охраны окружающей среды, экологической экспертизы и особо охраняемых природных территорий регионального значения Управления. Данный отдел ежегодно в срок, предусмотренный для сдачи бюджетной отчетности, представляет в Министерство экономического развития и торговли Республики Адыгея и Министерство финансов Республики Адыгея отчеты по реализации Программы.