Эффективность развития агропромышленного комплекса Республики Хакасия во многом обусловлена перспективным, отвечающим современным требованиям научным обеспечением, осуществляемым аграрной наукой, включающим в себя организацию и проведение фундаментальных и приоритетных прикладных исследований с целью разработки конкурентоспособной научно-технической продукции, предназначенной для освоения в производстве. Проведение научных исследований с последующей разработкой научно-технической продукции для агропромышленного комплекса осуществляется на основе программных принципов.
ГНУ "Научно-исследовательский институт аграрных проблем Хакасии" предложена Региональная программа с тематикой программных научно-исследовательских работ по научному обеспечению агропромышленного комплекса Республики Хакасия на 2010 - 2012 годы, которая отвечает современным задачам развития сельскохозяйственного производства в регионе.