Основными задачами Министерства здравоохранения Республики Хакасия являются:
2.1. Определение в пределах своей компетенции основ государственной политики Республики Хакасия в области здравоохранения, реализация республиканских целевых программ по развитию здравоохранения, профилактике заболеваний, оказанию медицинской помощи, обеспечению населения лекарственными средствами, медицинской техникой и изделиями медицинского назначения.
2.2. Организация оказания медицинской помощи населению.
2.3. Координация и регулирование вопросов охраны здоровья населения в связи с воздействием на человека неблагоприятных факторов среды его обитания и условий жизнедеятельности.
2.4. Обеспечение методического руководства и осуществление взаимодействия государственной, муниципальной и частной систем здравоохранения.
2.5. Координация проведения научных исследований, внедрение достижений науки и техники, медицинскую практику.
2.6. Обеспечение выполнения нормативов и стандартов в области здравоохранения, включая медицинскую помощь, фармацевтическую деятельность, контроль за соблюдением стандартов качества предоставляемой населению медицинской помощи, качеством, эффективностью и безопасностью лекарственных средств.
2.7. Охрана здоровья матери, отца и ребенка.
2.8. Профилактика инвалидности и медицинская реабилитация инвалидов.
2.9 Обеспечение функционирования и развития функциональной подсистемы единой государственной системы предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций - Территориальным центром медицины катастроф Республики Хакасия совместно с Министерством по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям Республики Хакасия, Министерством внутренних дел Республики Хакасия и другими республиканскими органами исполнительной власти.