Для достижения целей и задач государственной программы предусмотрена реализация трех подпрограмм:
1. Планирование экономического и социального развития территорий Санкт-Петербурга (далее - подпрограмма 1).
2. Сохранение и развитие исторического центра Санкт-Петербурга (далее - подпрограмма 2).
3. Развитие г.Кронштадта (далее - подпрограмма 3).
Предусмотренные в рамках каждой из подпрограмм государственной программы системы целей, задач и мероприятий охватывают весь диапазон заданных приоритетных направлений территориального развития и в максимальной степени будут способствовать достижению целей и конечных результатов государственной программы.
Подпрограмма 1 направлена на повышение качества и эффективности территориального планирования Санкт-Петербурга, дальнейшее развитие градостроительной политики Санкт-Петербурга, определение приоритетов территориального развития, формирование и развитие территорий, в том числе путем обеспечения их соответствующей градостроительной документацией.
Ожидаемый результат реализации подпрограммы 1 - повышение эффективности государственного управления в сфере градостроительной деятельности.
Подпрограмма 2 направлена на создание условий для обеспечения сбалансированного социально-экономического развития исторического центра Санкт-Петербурга и повышения его инвестиционной привлекательности. Для разработки системного подхода к сохранению и развитию исторического центра Санкт-Петербурга и определения комплекса мероприятий по сохранению исторической застройки, благоустройству территорий общего пользования, реконструкции объектов коммунальной и транспортной инфраструктуры в государственной программе определены две пилотные территории ("Конюшенная" (Центральный район Санкт-Петербурга) и "Северная Коломна - Новая Голландия" (Адмиралтейский район Санкт-Петербурга). Кроме того, реализация подпрограммы 2 предусматривается на территории комплекса "Апраксин двор".
Подпрограмма 3 направлена на создание условий для обеспечения сбалансированного социально-экономического развития территории г.Кронштадта (о.Котлин).