Процесс создания и внедрения информационно-коммуникационных технологий в Санкт-Петербурге не свободен от ряда проблем. Например, разрешению подлежат вопросы:
обязательности использования централизованных решений и нормативного правового регулирования механизмов согласования решений в сфере информационно-коммуникационных технологий, создаваемых и внедряемых государственными бюджетными и автономными учреждениями, государственными унитарными предприятиями;
подключения всех исполнительных органов и подведомственных организаций к ЕМТС в условиях дефицита финансирования;
создания централизованной системы контроля деятельности подведомственных организаций;
централизованного формирования единых источников информации по данным одного типа, построенным на базе системы классификаторов, открытых данных или системе формирования базовых информационных ресурсов;
формирования единых требований к базовым пространственным данным и пространственным данным, формируемым в процессе деятельности исполнительных органов;
организации централизованного контроля за наполнением сайтов и порталов исполнительных органов и подведомственных организаций;
необходимости создания государственных информационных систем, комплексно автоматизирующих процессы в сферах жилищно-коммунального хозяйства, энергического и строительного комплексов, дорожного хозяйства, культуры, потребительского рынка;
оптимизации исполнения государственных полномочий с использованием реестра полномочий и единой информационной модели;
выработки единой политики в сфере выпуска, выдачи и обслуживания смарт-карт для доступа к государственным и муниципальным услугам, а также иным услугам на территории Санкт-Петербурга;
перехода на централизованную систему управления проектами в сфере информационно-коммуникационных технологий;
разработки "дорожных карт" автоматизации по всем отраслевым сферам жизнедеятельности и отраслевых стандартов взаимодействия и интеграции государственных информационных ресурсов;
выработки единых подходов к определению состояния информационно-коммуникационных технологий;
количественного и качественного роста угроз информационной безопасности;
внедрения новых информационно-коммуникационных технологий без завершения всего комплекса мероприятий по защите информации;
увеличения потенциального ущерба от возможных нарушений информационной безопасности, обусловленного увеличением объема и повышением уровня важности информации, обрабатываемой с использованием современных информационно-коммуникационных технологий;
импортозамещения;
нехватки специалистов, отвечающих за защиту информации в исполнительных органах и подведомственных организациях, отставания уровня их квалификации от темпов развития информационно-коммуникационных технологий и роста угроз информационной безопасности;
правового регулирования, в том числе общих требований к государственным информационным системам, противоречий и пробелов в праве и руководящих документах как на региональном, так и на федеральном уровне.