Россия обладает значительными почвенными и водными ресурсами, но они распределены по территории страны неоптимальным образом для развития сельского хозяйства. На территории России имеется 2,2 млн кв.км сельскохозяйственных угодий, показатель обеспеченности страны пресной водой - один из самых высоких в мире. Площадь сельскохозяйственных угодий на 100 чел. населения в 2013 г. составляла в России 153 га (показатель стабилен с 2005 г.), в то время как в США этот показатель близок к 129 га, в Бразилии - 136 га, в Канаде - 180 га. Однако многие сельскохозяйственные угодья расположены в зонах рискованного земледелия, характеризуются низким плодородием. Основная часть ресурсов пресной воды расположена в пределах несельскохозяйственных северных территорий, а ключевые аграрные регионы Черноземья уже сейчас начинают испытывать определенный дефицит воды для орошения.
За период 2005-2015 гг. площадь земель сельскохозяйственного назначения сократилась на 4%. Наблюдаются процессы пространственной оптимизации производства сельхозпродукции, которые ведут к сжатию сельскохозяйственно-освоенной территории в северных регионах и росту удельной продуктивности сельского хозяйства. Увеличивается интенсивность сельскохозяйственной деятельности в наиболее благоприятных по агроклиматическим и транспортно-логистическим условиям южных регионах. Дополнительным фактором сокращения площади сельскохозяйственных угодий служит их перевод в другие категории земель. В результате, по состоянию на 2015 г., в России имеется почти 400 тыс. кв. км (40 млн га) постоянно или временно неиспользуемых сельскохозяйственных угодий. Это преимущественно земли с низким плодородием почв, расположенные в зоне рискованного земледелия, в том числе в Нечерноземье.
Серьезной проблемой остается деградация сельскохозяйственных угодий. Среди основных причин - использование устаревших технологий обработки почвы, создающих риски эрозии; неэффективных практик ирригации, обусловливающих засоление; несоблюдение севооборотов и несбалансированное внесение удобрений, ведущие к потере плодородия; загрязнение почв, водоемов, водотоков и грунтовых вод животноводством, промышленностью, транспортом и коммунальным хозяйством. В России деградированы до 0,5 млн га орошаемых земель (более 11% их общей площади) и до 1,8 млн га осушенных земель (более 37%). По данным Минприроды России, в 2014 г. участки, почва которых загрязнена пестицидами выше установленных гигиенических нормативов, были обнаружены на территории 9 субъектов РФ. Загрязненные почвы также были обнаружены на локальных участках, прилегающих к территориям пунктов хранения пестицидов.