Ограниченность ресурсов для осуществления программных мероприятий;
недостаточная включенность организаций Кластера в мировой рынок НИОКР;
дефицит возможностей в сфере коммерциализации существующего научно-технического и технологического задела;
отсутствие коммерчески ориентированных институтов и лабораторий в области фармацевтического синтеза;
недостаточное количество квалифицированных специалистов;
недостаточное количество инфраструктурных объектов (технопарков, центров коллективного пользования) для инновационных малых предприятий, способных повысить эффективность функционирования Кластера за счет объединения ресурсов и сокращения издержек.