В Комиссии создаются удостоверяющий центр для обеспечения сертификатами ключей подписи для взаимодействия уполномоченных доверенных третьих сторон интеграционного и национальных сегментов интегрированной системы и удостоверяющий центр для обеспечения сертификатами ключей подписи членов Коллегии Комиссии и сотрудников Комиссии.
Обеспечение доверенной третьей стороны национальных сегментов сертификатами ключей подписи удостоверяющего центра Комиссии позволит сформировать единую сеть признания сертификатов ЭЦП доверенной третьей стороны на трансграничном уровне на основе единых стандартов сертифицированных криптографических алгоритмов, протоколов и форматов, что в том числе обеспечит повышение уровня информационной безопасности в сфере административных правоотношений между уполномоченными органами государств - членов и Комиссии за счет явного ограничения действий с применением ключа ЭЦП (через атрибуты выдаваемых сертификатов) и единой системы учета отозванных сертификатов, а также позволит сократить затраты на модернизацию интегрированной системы при присоединении к Союзу новых членов.
Удостоверяющие центры создаются на основе Инфраструктуры открытых ключей (Public Key Infrastructure)
в соответствии с рекомендациями Х.509 Public Key Infrastructure.
Необходимые для функционирования удостоверяющих центров документы утверждаются Комиссией.