Комплексное управление Программой осуществляется субъектом бюджетного планирования - Минсельхозпродом Республики Мордовия.
Система управления реализацией Программы:
-ответственным за реализацию Программы в целом является отдел по производству и переработке сельскохозяйственной продукции Минсельхозпрода Республики Мордовия;
-координацию деятельности организаций, участвующих в реализации Программы, и согласование их действий по реализации программных мероприятий осуществляет отдел по производству и переработке сельскохозяйственной продукции Минсельхозпрода Республики Мордовия;
-реализацию каждого мероприятия Программы осуществляют сельхозтоваропроизводители Республики Мордовия;
-финансирование программных мероприятий осуществляет отдел финансов, бухгалтерского учёта и отчётности Минсельхозпрода Республики Мордовия;
-мониторинг реализации Программы осуществляет отдел по производству и переработке сельскохозяйственной продукции Минсельхозпрода Республики Мордовия.