Комплексное управление реализацией Программы осуществляет субъект бюджетного планирования - Министерство сельского хозяйства Чеченской Республики. Главным распорядителем средств бюджета на реализацию Программы является Министерство сельского хозяйства Чеченской Республики, которое, при необходимости, в установленном порядке вносит предложения в Правительство Чеченской Республики по уточнению перечня мероприятий Программы на очередной финансовый год, сроков их реализации, корректировке программных показателей и объемов финансирования мероприятий, а также механизма ее реализации.
В течение финансового года в пределах средств, предусмотренных на реализацию Программы, с учетом фактического выполнения мероприятий, главный распорядитель средств республиканского бюджета на реализацию Программы вносит предложения в Правительство Чеченской Республики о перераспределении объемов финансирования в разрезе мероприятий Программы в установленном порядке.
Главный распорядитель средств республиканского бюджета обеспечивает своевременное направление поступающих из республиканского бюджета ассигнований на реализацию программных мероприятий. Порядок предоставления субсидий за счет средств республиканского бюджета на реализацию мероприятий Программы устанавливается Правительством Чеченской Республики. Получателями субсидий являются
сельскохозяйственные товаропроизводители, организации по племенному животноводству, организации, осуществляющие первичную и последующую переработку продукции, и иные юридические и физические лица, имеющие право получения субсидий, предусмотренных настоящей Программой.
Главный распорядитель средств республиканского бюджета ежегодно до 15 января года, следующим за отчетным годом, представляет в уполномоченный орган доклад о ходе выполнения мероприятий Программы и эффективности использования финансовых средств.
Контроль за ходом реализации и выполнения мероприятий Программы, а также за формированием и представлением отчетности о ходе реализации осуществляет департамент животноводства и племенной работы Министерства сельского хозяйства Чеченской Республики.