Оценка рисков реализации Подпрограммы и достижение предусмотренных в ней результатов связана со следующими основными факторами:
макроэкономическими, в том числе ростом цен на энергоресурсы и другие материально-технические средства, потребляемые в мелиорации, что ограничивает возможности значительной части сельскохозяйственных товаропроизводителей осуществлять инновационные проекты, переходить к новым ресурсосберегающим технологиям и на этой основе обеспечивать реализацию модели ускоренного экономического развития;
внешнеторговыми, связанными с изменением конъюнктуры мирового рынка продовольствия и возникающими в связи с этим ценовыми колебаниями;
интеграционными, связанными с присоединением России к Всемирной торговой организации и возникающей в связи с этим необходимостью структурирования государственной поддержки и изменения мер таможенно-тарифного и нетарифного регулирования;
природными, связанными с размещением большей части сельскохозяйственного производства в зонах рискованного земледелия, что приводит к существенным потерям объемов производства, ухудшению ценовой ситуации и снижению доходов сельскохозяйственных товаропроизводителей, росту импорта продовольственных товаров.