С учетом задач, стоящих перед агропромышленным комплексом Республики Ингушетия, в качестве основных приоритетов при реализации подпрограммы выделяются:
направленность всей системы управления агропромышленным комплексом на ускорение его модернизации и инновационного развития, создание условий для повышения финансовой устойчивости сельскохозяйственных товаропроизводителей и социальное развитие сельских территорий;
повышение роли и финансовых возможностей республики и муниципальных районов Республики Ингушетия в осуществлении мероприятий, нацеленных на развитие сельского хозяйства, регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия на период до 2020 года;
повышение доступности и качества предоставляемых государственных услуг;
обеспечение исполнения функций по контролю и надзору в сфере ветеринарии, карантина и защиты растений, семеноводства, обеспечения плодородия почв, земельных отношений (в части, касающейся земель сельскохозяйственного назначения), функции по защите населения от болезней, общих для человека и животных, за безопасностью кормов и кормовых добавок на всех стадиях производства и обращения; контроль за хранением, перевозкой, применением лекарственных препаратов для ветеринарного применения; сортового и семенного контроля в отношении посевов и семян сельскохозяйственных растений.