Республиканская программа предусматривает комплексное развитие всех отраслей и подотраслей, сфер деятельности агропромышленного комплекса. Одновременно выделяются приоритеты двух уровней. К приоритету первого уровня относятся:
в сфере производства - зерновой комплекс, включающий селекцию и семеноводство, размещение и технологию производства как обеспечивающую устойчивость в целом агропромышленного комплекса и в значительной мере экономики республики;
скотоводство (производство молока и мяса) как системообразующая отрасль, использующая конкурентные преимущества республики, в первую очередь наличие значительных площадей сельскохозяйственных угодий;
в социальной сфере - устойчивое развитие сельских территорий в качестве непременного условия сохранения трудовых ресурсов, территориальной целостности республики;
в сфере развития производственного потенциала - мелиорация земель сельскохозяйственного назначения, введение в оборот неиспользуемой пашни и других категорий сельскохозяйственных угодий;
в экономической сфере - повышение доходности сельскохозяйственных товаропроизводителей как условие перехода к инновационной модели развития агропромышленного комплекса;
в институционной сфере - развитие кооперации, интеграционных связей в агропромышленном комплексе и формирование продуктовых подкомплексов, территориальных кластеров;
научное и кадровое обеспечение - в качестве важнейшего условия формирования агропромышленного комплекса.
Приоритеты второго уровня включают такие направления, как:
развитие импортозамещающих подотраслей сельского хозяйства, включая овощеводство и плодоводство;
обеспечение животноводства растительным кормовым белком;
экологическая безопасность сельскохозяйственной продукции и продовольствия;
рациональное размещение и специализация сельскохозяйственного производства.