Территория заказника относится к Верхне-Идскому ландшафту, приуроченному к эрозийному понижению в верховьях р. Леденьги. Преобладают урочища полого-холмистой и волнистой моренной равнины, расчленённой эрозией, встречаются и водно-ледниковые равнины. Лесные ассоциации типичные для этого геоботанического района - сосняки беломошники. Лёгкость механического состава почв и его относительная бедность обуславливает на территории бора преимущественное распространение сосняков. Здесь сосредоточены ягодники (брусника, черника, морошка), обильны урожаи грибов. Места обитания и гнездования боровой дичи (глухарь, тетерев, рябчик). Заказник "Сысоевский бор" обладает значительным рекреационным потенциалом, он является излюбленным местом отдыха жителей района и требует дополнительного обустройства.