С учетом особенностей режима особо охраняемых объектов в Карачаево-Черкесии функционируют особо охраняемые природные территории следующих категорий:
Тебердинский государственный природный биосферный заповедник;
часть Кавказского государственного природного биосферного заповедника;
7 заказников;
74 памятника природы;
часть особо охраняемого эколого-курортного региона Российской Федерации Кавказские Минеральные Воды.