Карачаево-Черкесская Республика принадлежит к числу наиболее обеспеченных водными ресурсами регионов Российской Федерации.
На ее территории протекает 419 рек, общая протяжённость которых составляет 4203 км.
Основной водной артерией, источником водоснабжения населения, хозяйственной и промышленной деятельности на территории республики является р. Кубань. Бассейн р. Кубань располагается в западной части Северо-Кавказского экономического района, ограничивается Главным Кавказским хребтом, Азовским морем и слабовыраженным водоразделом с реками равнинной части Ставропольского и Краснодарского краев.
Общая площадь водосбора р. Кубани 57,0 тыс. км2, протяженность составляет 870 км, суммарная длина всех ее притоков (более 10 км) 14328 км. Основные крупные притоки в верховьях реки это р. Теберда, р. Малый Зеленчук, р. Большой Зеленчук, р. Уруп, р. Большая Лаба.
Вода р. Кубань, ее притоков и малых рек республики питает Карачаево-Черкесскую Республику, Ставропольский и Краснодарский края.
Общая потребность населения республики в воде питьевого качества составляет около 250,0 тыс. м3/сутки.
Объем речного стока р. Кубань - с. им. Коста-Хетагурова составляет 2217 млн. м3, р. Маруха - с. Маруха - 391 млн. м3, р. Аксаут - с. Хасаут - Греческое – 561 млн. м3, р. Большой Зеленчук- п. Архыз – 984 млн. м3.
Подсчитанные эксплуатационные ресурсы пресных подземных вод переуглубленных речных долин бассейна р. Кубань составляют порядка 2,5 млн. м3/сутки.
Обеспеченность разведанными запасами пресных подземных вод составляет 0,26 м3/сутки на человека, а прогнозными эксплуатационными ресурсами - 5,78 м3/сутки.
Общий объем забранной свежей воды из поверхностных и подземных источников в 2011 году составил 3271,36 млн. м3/год. Объем забранной из поверхностных водных объектов воды указан с учетом транзитной переброски воды с целью распределения поверхностного стока (составляющий 50% паводкового стока) из рек Аксаут, Маруха и Большой Зеленчук в р. Кубань на нужды гидроэнергетики, а также с учетом забора воды из р. Кубань в Большой Ставропольский канал - канал комплексного назначения, из которого производится забор воды Ставропольским краем для нужд энергетики, сельскохозяйственного водопотребления, орошения.
На территории республики существует три крупных водохозяйственных системы:
1. Большой Ставропольский канал - БСК.
2. Водно-энергетический комплекс - Зеленчукская ГЭС (Марухское подпорное водохранилище, Аксаутское подпорное водохранилище, бассейн суточного регулирования, водозаборный гидроузел на р.Б.Зеленчук).
3. Регулирующее водохранилище на реке Эшкакон.
В систему Большого Ставропольского канала, предназначенного для водоснабжения Карачаево-Черкесской Республики, Ставропольского и Краснодарского краев, входит Усть-Джегутинское водохранилище (головные сооружения канала), Кубанское водохранилище, Каскад Кубанских ГЭС. Общий забор воды в БСК из р. Кубань в 2011 году составил 2285 млн. м3.
Большая часть емкости верхнего бьефа Усть-Джегутинского водохранилища заилена. Для увеличения водоподачи в магистральный канал и водозаборные сооружения необходима реконструкция водохранилища, предусматривающая, в том числе, проведение очистки ложа водоема от донных отложений.
Кубанское водохранилище расположено на 47 км от головного сооружения БСК в пос. Кавказский. Наливное водохранилище создано в природной котловине. Эксплуатируется с 1967 года. Забор воды в Кубанское водохранилище осуществляется из БСК в паводковый период через гидроаккумулирующую электростанцию и холостой водосброс. В осенне-зимний период БСК наполняется водой в основном из Кубанского водохранилища.
Водно-энергетический комплекс - Зеленчукская ГЭС в составе: Аксаутское подпорное водохранилище, Марухское подпорное водохранилище, бассейн суточного регулирования, водозаборный гидроузел на р. Б. Зеленчук.
Гидротехнический комплекс Зеленчукской ГЭС предназначен для энергетических целей.
Регулирующее водохранилище на р. Эшкакон предназначено для обеспечения питьевой водой населенных пунктов Карачаево-Черкесской Республики и сопредельной с Карачаево-Черкесской Республикой территории эколого-курортного региона Кавказских Минеральных вод Ставропольского края.
Эшкаконский гидроузел представляет собой регулирующее водохранилище и гидротехнические сооружения водохранилища, совмещенные с комплексом очистных сооружений. Основные параметры водохранилища: площадь водосбора - 240км2, средний многолетний объем годового стока – 53,3 млн. м3, объем водохранилища : общий – 8,27 млн.м3, регулирующий – 8,075 млн.м3, класс сооружений по капитальности – II. Съемка, выполненная ОАО "Севкавгипроводхоз" после паводка 2002 года, показала, что за период с 1997 по 2002 годы в водохранилище отложилось 1млн. м3 наносов (объем водохранилища по съемке 1997 года составлял 9,27млн. м3).
В связи с тем, что полезный объем водохранилища снижен по сравнению с проектным и продолжает уменьшаться, а также для улучшения качества питьевой воды, подаваемой в населенные пункты республики и в эколого-курортный регион Кавказские Минеральные Воды, требуется реконструкция водохранилища.
Серьезной проблемой является абразия берегов водохранилищ. Основными последствиями разрушения берегов являются выведение из землепользования значительных площадей сельскохозяйственных и лесных угодий, а также развитие оползневой опасности на застроенных территориях.
Проблемой, требующей особого внимания, является сохранившийся высокий уровень негативного антропогенного воздействия на водные объекты. В водные объекты Карачаево-Черкесской Республики сбрасывается ежегодно порядка 55 млн. куб.м сточных вод, из которых порядка 9 млн. куб.м сбрасывается без очистки и 45 млн. куб.м недостаточно очищенных. Структура сточных вод за 2011 года: 17% стоков сброшено без очистки, 84,4% - недостаточно очищенных, 1,6% стоков – нормативно чистых без очистки, 0,2% - нормативно-очищенных на сооружениях очистки.
Большое количество загрязняющих веществ со сточными, ливнево-дренажными водами сбрасывается в реки республики, загрязняя тем самым их воды. Наиболее загрязненными и потерявшими способность к самоочищению являются оз. Соленое Прикубанского района, пруд п. Московский, р. Абазинка г. Черкесск.
Основными проблемами в Карачаево-Черкесской Республике являются ежегодные наводнения, ухудшение экологического состояния водных объектов, снижение объемов капиталовложений в водохозяйственную отрасль, хозяйственное освоение паводкоопасных территорий и размещение там хозяйственных объектов и жилья.
Источниками питания рек в бассейне р. Кубань являются снеговые и дождевые. Доля дождевого питания с понижением абсолютных высот увеличивается, а снегового уменьшается. Доля ледникового питания также сокращается к предгорьям. Годовой ход уровня характеризуется высоким летним половодьем (май - июль) и сравнительно устойчивой зимней меженью, длящейся с конца ноября до конца марта. Подъем уровня воды от таяния снега в пониженной части водосбора начинается в середине апреля и переходит в летнее половодье. Высокие уровни удерживаются в течение июня - июля после чего начинается медленный спад, заканчивающийся в ноябре. Низкие меженные уровни сохраняются до начала апреля. Ход уровня воды нарушается резкими подъемами при дождевых паводках. В результате их наложения на высокий фон летнего половодья формируется наивысший годовой уровень, наблюдающийся в конце июня и реже в июле.
На реках бассейна р. Кубань, где в непосредственной близости от уреза воды расположены почти все населенные пункты республики, ежегодно с периодичностью не менее двух - трех раз проходят бурные и разрушительные паводки. Уровень воды поднимается практически мгновенно при наложении на волну половодья от интенсивного таяния снежников, обильных атмосферных осадков. Из-за больших уклонов каждый паводок носит бурный характер, неся с собой большое количество влекомых наносов, карчей, топляка и обломочного материала горных пород. Реки меняют русло, и происходит подтопление и разрушение берегов. Непринятие своевременных опережающих мер, направленных на предотвращение негативного воздействия паводковых вод, может привести к катастрофически неблагоприятным экологическим и экономическим последствиям с возможными жертвами.