5.1. Управление возглавляет начальник Управления, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Главой Карачаево-Черкесской Республики по представлению Руководителя Администрации Главы и Правительства Карачаево-Черкесской Республики.
5.2. Начальник Управления имеет заместителя, который назначается на должность и освобождается от должности Главой Карачаево-Черкесской Республики по представлению Руководителя Администрации Главы и Правительства Карачаево-Черкесской Республики.
5.3. В период временного отсутствия начальника Управления его обязанности выполняет заместитель начальника Управления.
5.4. Начальник Управления:
5.4.1. Руководит деятельностью Управления, обеспечивая решение возложенных на Управление задач.
5.4.2. Вносит Руководителю Администрации Главы и Правительства Карачаево-Черкесской Республики для представления на утверждение Главой Карачаево-Черкесской Республики Положение об Управлении, предложения по его структуре и штатной численности.
5.4.3. Определяет основные задачи Управления на текущий период, контролирует их исполнение.
5.4.4. Определяет функции работников Управления.
5.4.5. Подписывает служебную документацию в пределах своей компетенции.
5.4.6. Вносит Руководителю Администрации Главы и Правительства Карачаево-Черкесской Республики предложения о поощрении работников Управления и применении к ним мер дисциплинарного воздействия.