Основными функциями Управления в соответствии с возложенными на него задачами являются:
3.1. Организация и осуществление охраны и воспроизводства объектов животного мира за исключением объектов животного мира, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, охрана среды обитания указанных объектов животного мира, а также организация и осуществление сохранения и использования охотничьих ресурсов и среды их обитания, за исключением охотничьих ресурсов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения.
3.2. Установление согласованных с федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере охраны и использования объектов животного мира и среды их обитания, объемов (лимитов) изъятия объектов животного мира, за исключением объектов животного мира, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, а также установление в порядке, предусмотренном действующим законодательством, лимитов добычи охотничьих ресурсов и квот их добычи, за исключением таких лимитов и квот в отношении охотничьих ресурсов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения.
3.3. Регулирование численности объектов животного мира, в том числе охотничьих ресурсов, за исключением охотничьих ресурсов и объектов животного мира, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, в порядке, установленном действующим законодательством.
3.4. Введение на территории Карачаево-Черкесской Республики ограничений и запретов на использование объектов животного мира в целях их охраны и воспроизводства за исключением объектов животного мира, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, по согласованию с федеральными органами исполнительной власти, осуществляющими функции по контролю и надзору в сфере охраны, использования и воспроизводства объектов животного мира и среды их обитания.
3.5. Ведение государственного учета численности объектов животного мира, государственного мониторинга и государственного кадастра объектов животного мира в пределах Карачаево-Черкесской Республики за исключением объектов животного мира, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, с последующим предоставлением сведений федеральным органам исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере охраны, использования и воспроизводства объектов животного мира и среды их обитания.
3.6. Выдача разрешений на использование объектов животного мира за исключением объектов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, а также объектов животного мира, занесенных в Красную книгу Российской Федерации.
3.7. Выдача разрешений на содержание и разведение объектов животного мира, в том числе охотничьих ресурсов, в полувольных условиях и искусственно созданной среде обитания (за исключением объектов животного мира и охотничьих животных, занесенных в Красную книгу Российской Федерации) за исключением разрешений на содержание и разведение объектов животного мира, в том числе охотничьих ресурсов, в полувольных условиях и искусственно созданной среде обитания, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения.
3.8. Организация и регулирование промышленного, любительского и спортивного рыболовства за исключением ресурсов особо охраняемых природных территорий федерального значения, а также водных биологических ресурсов внутренних вод, занесенных в Красную книгу Российской Федерации, анадромных и катадромных видов рыб, трансграничных видов рыб; организация и регулирование прибрежного рыболовства (за исключением анадромных, катадромных и трансграничных видов рыб), в том числе предоставление рыбопромысловых участков.
3.9. Охрана водных биологических ресурсов на внутренних водных объектах за исключением особо охраняемых природных территорий федерального значения и пограничных зон, а также водных биологических ресурсов внутренних вод, занесенных в Красную книгу Российской Федерации, анадромных и катадромных видов рыб, трансграничных видов рыб и других водных животных, перечни которых утверждаются федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере охраны и использования объектов животного мира и среды их обитания.
3.10. Осуществление мер по воспроизводству объектов животного мира и восстановлению среды их обитания, нарушенных в результате стихийных бедствий и по иным причинам, за исключением объектов животного мира и среды их обитания, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения.
3.11. Осуществление контроля за использованием капканов и других устройств, используемых при осуществлении охоты.
3.12. Осуществление контроля за оборотом продукции охоты.
3.13. Федеральный государственный надзор в области охраны и использования объектов животного мира и среды их обитания на территории Карачаево-Черкесской Республики за исключением объектов животного мира и среды их обитания, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, расположенных на территории Карачаево-Черкесской Республики.