Управление реализацией и контроль за выполнением мероприятий Программы осуществляет Министерство образования и науки Республики Хакасия. Основным механизмом реализации Программы является целевое использование бюджетных средств, выполнение плана программных мероприятий, заключение соглашений, договоров, контрактов с исполнителями отдельных мероприятий Программы в установленные сроки.
По мере необходимости государственный заказчик целевой Программы вносит в Правительство Республики Хакасия предложения о продлении или сокращении сроков реализации Программы, её отдельных разделов и мероприятий, а также о целесообразности её дальнейшей реализации в целом или отдельных мероприятий.
Государственный заказчик представляет ежеквартально до 15 числа месяца, следующего за окончанием квартала, в Министерство финансов Республики Хакасия информацию о реализации Программы в установленном порядке.