Контроль за реализацией программы осуществляет управление здравоохранения правительства области, которое является государственным заказчиком программы.
Исполнители программных мероприятий несут ответственность за своевременное и полное осуществление мероприятий программы.
Управление здравоохранения правительства области готовит в управление экономики правительства области ежеквартальные и годовой отчеты о ходе и результатах реализации программы, по итогам года осуществляет оценку эффективности использования бюджетных средств.
При необходимости государственный заказчик программы и получатели денежных средств на реализацию программных мероприятий в установленном порядке вносят предложения по корректировке программы.