Реорганизация и ликвидация Службы осуществляются в порядке, установленном законодательством Российской Федерации и Ивановской области.
При ликвидации, изменении функций или прекращении работ с использованием сведений, составляющих государственную тайну, Служба обязана обеспечить защиту этих сведений и их носителей путем разработки и осуществления системы мер режима секретности, защиты информации, противодействия техническим разведкам, охраны и пожарной безопасности.