Основными задачами Комиссии являются:
- участие в реализации государственной политики в отношении граждан, изъявивших желание на замену военной службы по призыву альтернативной гражданской службой;
- обеспечение реализации конституционных прав граждан, проходящих альтернативную гражданскую службу, участие в защите их интересов;
- разработка предложений по совершенствованию законодательства по вопросам правовой защиты граждан, проходящих альтернативную гражданскую службу;
- участие в разработке мер по совершенствованию бытового устройства, социальной защиты граждан, проходящих альтернативную гражданскую службу;
- разработка предложений по обеспечению трудовых и социальных гарантий граждан, проходящих альтернативную гражданскую службу.