Состояние окружающей среды в Алтайском крае характеризуется в целом как удовлетворительное, однако уровень загрязнения атмосферного воздуха, водных ресурсов, почв на отдельных территориях превышает установленные нормативы. Основными экологическими проблемами по-прежнему остаются загрязнение поверхностных водных ресурсов и воздуха в результате деятельности промышленных предприятий и транспорта, постоянное увеличение количества отходов производства и потребления. В последние годы значительно усилилось антропогенное воздействие на природу в местах массового отдыха жителей края и в туристически привлекательных районах, что приводит к деградации природных ландшафтов, потере экологической и эстетической ценности территории.
Особой охраны требуют государственные природные заказники, памятники природы, природный парк "Ая", образующие экологический каркас региона. В связи с изменением природоохранного законодательства проблема сохранения и развития сети ООПТ Алтайского края требует скорейшего решения.
Одной из основных причин обострения экологических проблем является низкая экологическая культура населения, недостаточная грамотность и отсутствие заинтересованности руководителей хозяйствующих субъектов в решении вопросов обеспечения экологической безопасности и сохранения природной среды.
Совершенствование процесса охраны окружающей среды требует системного подхода и определяет необходимость использования программно-целевого метода решения указанных проблем.