Контроль за реализацией Подпрограммы осуществляется Московским областным координационным советом по жилищной политике при Губернаторе Московской области.
Оперативное управление и текущий контроль за выполнением мероприятий Подпрограммы осуществляет Министерство строительного комплекса Московской области (государственный заказчик Подпрограммы).
Центральные исполнительные органы государственной власти Московской области и органы местного самоуправления муниципальных образований Московской области в соответствии с Перечнем мероприятий Подпрограммы ежеквартально до 10 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, направляют государственному заказчику Подпрограммы отчет о ходе выполнения мероприятий Подпрограммы, ответственными за выполнение которых они являются.
Государственный заказчик Подпрограммы направляет в Министерство регионального развития Российской Федерации, Московский областной координационный совет по жилищной политике при Губернаторе Московской области информацию о ходе реализации Подпрограммы за год не позднее 25 числа второго месяца, следующего за отчетным годом.