Контроль за выполнением Программы осуществляет Главное управление сельского хозяйства Алтайского края, которое обеспечивает мониторинг программных мероприятий, предоставление в установленном порядке необходимой информации о ходе реализации Программы и эффективности использования финансовых средств.
Главное управление сельского хозяйства Алтайского края в установленные сроки направляет в Главное управление экономики и инвестиций Алтайского края отчет о ходе выполнения Программы.