Реализация программы предусматривается за счет консолидации средств краевого бюджета и бюджетов городов Барнаула, Бийска, Рубцовска и Новоалтайска, а также внебюджетных источников и их использования для развития и обновления городского пассажирского транспорта.
Общий объем финансирования мероприятий программы составит 2287926 тыс.рублей (в ценах 2011 года) (приложение 1).