Воздушный транспорт в Сахалинской области используется преимущественно для перевозки пассажиров на дальние расстояния и в труднодоступные местности, в том числе на Курильские острова.
В межнавигационный период на отдельных направлениях авиация является единственным средством транспортного сообщения.
На территории Сахалинской области имеются 7 аэропортов: ОАО "Авиапредприятие Зональное" (Тымовский городской округ, с. Зональное) и муниципальное авиационное предприятие "Буревестник" (о. Итуруп), а также вертодром в г. Северо-Курильске (о. Парамушир), вертолетная площадка на о. Шикотан.
ФГУП "Аэропорт Южно-Сахалинск" является аэропортом федерального значения, с 1990 года имеет статус международного аэропорта, включен в перечень стратегических предприятий.
Аэропорты, вертодром, вертолетная площадка являются социально значимыми объектами и осуществляют аэропортовое обеспечение регулярных пассажирских и чартерных авиаперевозок в условиях практического отсутствия альтернативных видов транспорта. Более 95% объемов пассажирских перевозок за пределы области осуществляются именно воздушным транспортом.
С острова Сахалин выполняются авиарейсы более чем в 50 направлениях (с учетом транзитных перевозок): Москва, Санкт-Петербург, Ростов-на-Дону, Новосибирск, Красноярск, Краснодар, Хабаровск, Владивосток и другие. Регулярные прямые международные рейсы из Южно-Сахалинска выполняются в города Саппоро и Токио (Япония), Сеул (Корея), Харбин, Пекин (Китай).
Основная часть международных и все внутриобластные авиарейсы выполняются региональной авиакомпанией "Сахалинские Авиатрассы". Главной проблемой авиакомпании является высокий износ самолетного парка. Вместе с тем, на рынке воздушных судов отсутствуют самолеты регионального класса российского производства, а высокие таможенные платежи при ввозе воздушных судов иностранного производства не позволяют обновлять самолетный парк.
Количество пассажиров, обслуженных в аэропортах области в 2010 году, составило 843,4 тыс. пассажиров (118% к уровню 2009 года). Объем грузов, обслуженных в аэропортах, увеличился на 0,8%.
В стадии строительства и реконструкции находятся 3 аэропорта. Реконструкция и модернизация аэропортов производится в соответствии с федеральными целевыми программами.
Объем инвестиций в воздушный транспорт в 2010 году составил 679 млн. руб.