К числу сдерживающих факторов развития области относятся:
- высокая составляющая транспортных затрат при перевозке грузов и пассажиров между дальневосточными регионами и остальной частью России;
- экстремальные природно-климатические условия (повышенная сейсмичность, тайфуны, снежные завалы), требующие компенсации повышенных затрат на производство продукции и жизнеобеспечение населения;
- наличие изолированно работающих энергосистем и энергорайонов, затратность и неэффективность структуры энергоисточников. Неразвитая энергетическая и транспортная инфраструктура прямо или косвенно продолжает оставаться основным ограничением осуществления любых видов деятельности в Сахалинской области, причиной низкой конкурентоспособности произведенных продукции, товаров и услуг;
- ресурсная зависимость экономики при низкой степени переработки природных ресурсов;
- сокращение численности населения при росте рождаемости на фоне опережающего увеличения смертности и сохранения отрицательного миграционного прироста.