В процессе реализации полномочий Счетной палаты она осуществляет контрольно-ревизионную, экспертно-аналитическую, информационную и иную деятельность, обеспечивает единую систему контроля за формированием и исполнением окружного бюджета, бюджета территориального государственного внебюджетного фонда, а также использованием государственного имущества Ненецкого автономного округа.