В реализации подпрограммы 2 предусмотрено участие следующих научных организаций:
- Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Крымский федеральный университет имени В.И. Вернадского";
- Научно-исследовательский институт "КРЫМНИИПРОЕКТ" Федерального государственного автономного образовательного учреждения высшего образования "Крымский федеральный университет имени В.И. Вернадского".
В реализации подпрограммы 4 планируется привлечение специализированных научно-исследовательских организаций: Морского гидрофизического института Российской академии наук, ООО ЦНТУ "Инжзащита", ООО "Институт "КРЫМГИИНТИЗ", ООО "Гидротехника".