5.1. Министерство возглавляет министр, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором Сахалинской области.
5.2. Министр:
5.2.1. Несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Министерство полномочий и реализацию государственной политики в установленной сфере деятельности.
5.2.2. Издает правовые акты по вопросам, входящим в его компетенцию:
- носящие нормативный характер - в виде приказов министра;
- носящие ненормативный характер - в виде распоряжений министра.
5.2.3. Вносит в Правительство Сахалинской области:
5.2.3.1. предложения о фонде оплаты труда государственных гражданских служащих, работников Министерства;
5.2.3.2. предложения о назначении на должность и освобождении от должности руководителей подведомственных учреждений;
5.2.3.3. предложения по формированию проекта областного бюджета в части финансового обеспечения деятельности Министерства и подведомственных учреждений.
5.2.4. Назначает на должность и освобождает от должности государственных гражданских служащих и работников Министерства.
5.2.5. Утверждает положения о структурных подразделениях Министерства, а также уставы подведомственных учреждений, заключает и прекращает в соответствии с законодательством Российской Федерации трудовые договоры с руководителями этих учреждений.
5.2.6. Утверждает должностные регламенты гражданских служащих, должностные инструкции работников Министерства.
5.2.7. Решает в соответствии с законодательством Российской Федерации и Сахалинской области вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Министерстве.