Воды четвертичных отложений, часто совместно с гидравлически связанными с ними водами юрских, силурийских и ордовикских отложений, плутонических образований широко используются для централизованного и децентрализованного водоснабжения, водоотбор из них составляет более 90% общего водоотбора из подземных источников по республике.
Уровенный режим подземных вод четвертичного аллювиального горизонта (объект мониторинга, являющийся основным для эксплуатации) в ненарушенных условиях изучался по 6 скважинам ГОНС, расположенным в долинах рр. Енисей, Малый Енисей, Элегест. Подземные воды в горных речных долинах образуют подрусловые потоки, направленные параллельно руслу реки, уклоны подземного потока значительные. По многолетним наблюдениям установлена тесная связь режима подземных вод с гидрографом рек и метеофакторами, т.е. наблюдается гидрологический тип (приречный вид) режима.
Общий ход уровней аллювиального горизонта по пунктам с приречным видом режима в 2016 г. был близок к среднемноголетнему с двумя минимумами (предвесенним и осенним) и одним максимумом. В отчетный период в связи с довольно высоким количеством осадков в летний период держались высокие уровни ПВ, значимый спад начался только с сентября. Годовые амплитуды колебаний - 1,0 - 2,6 м (норма 1,1 - 2,2 м). Самые низкие значения наблюдаются в удалении от рек, самые высокие - на участках вблизи рек.
Основным источником питания всех гидрогеологических подразделений являются атмосферные осадки, фильтрующиеся через поры и трещины в породах зоны аэрации и попадающие в водоносные зоны, и перетекание вод из гипсометрически выше лежащих водоносных подразделений. Питание аллювиального горизонта осуществляется также за счет поверхностных вод. Разгрузка подземных вод происходит в речные долины родниковым стоком и в смежные водоносные подразделения. Основными областями питания являются горные сооружения Западного и Восточного Танну-Ола, Западного Саяна, Восточно-Тувинского нагорья и нагорья Сангилен. Минерализация подземных вод зависит от многих факторов - скорости водообмена, состава вмещающих пород, глубины залегания и т.п., общей закономерностью является ее увеличение от горных районов к котловинам, за исключением вод прирусловых и пойменных отложений основной дрены - р. Енисей и его притоков.