Заповедник руководствуется в своей деятельности Уставом ФГБУ "Государственный природный заповедник "Азас", Положением о государственном природном заповеднике "Азас", Лесохозяйственным регламентом, утвержденным Департаментом государственной политики и регулирования в сфере охраны окружающей среды и экологической безопасности Минприроды России и Проектом освоения лесов.