С 2007 г. предприятиями-владельцами лицензий проводится комплексная оценка фонового состояния природной среды района Кызыл-Таштыгского полиметаллического месторождения для последующего контроля за его рациональной разработкой. Такие же работы ведутся на Элегестском месторождении каменного угля, Ак-Сугском медно-молибденовом месторождении, Кара-Бельдирском золоторудном и других месторождениях. Но отчеты по результатам этих работ в геологические фонды не сдаются.
В настоящее время месторождения кобальта и ртути - Хову-Аксинское и Терлиг-Хайское законсервированы. Но отвалы пород месторождения Хову-Аксы и Терлиг-Хая содержат опасные для здоровья людей и окружающей среды металлы: кобальт, никель, мышьяк, ртуть. Под воздействием атмосферных осадков, ветров они попадают в поверхностные и подземные воды, загрязняют почво-грунты, воздух.
Отходы производства комбината "Тувакобалът" (Хову-Аксинское кобальт-никелевое месторождение) складированы в "карты" и траншейные хвостохранилища. Комбинат "Тувакобальт" является федеральной собственностью, в настоящее время месторождение находится в Госрезерве. Ниже хвостохранилищ в устье лога находится с. Сайлыг с одиночными водозаборами. В последние годы экологическая ситуация здесь стабилизировалась. В 2016 г. здесь функционировал один пункт ГОНС в условиях с нарушенным гидрохимическим режимом. Наблюдения велись по колодцу (водоносный горизонт голоценовых аллювиальных отложений - aQН), расположенному в пойме р. Элегест, под террасовидным уступом в устье лога, в котором находятся хвостохранилища. У подножия уступа происходит разгрузка подземных вод делювиально-пролювиального водоносного комплекса, выстилающего днище лога. Колодец находится в 280 м от р. Элегест, наблюдения ведутся с 1999 г.
Концентрации мышьяка в подземных водах увеличивались до 0,019 мг/д куб. м (до 1,9 ПДК), что выше уровня прошлых лет, содержание марганца в 2016 г. достигало 1,4468 мг/д куб. м (14,47 ПДК), нефтепродуктов - до 0,83 мг/д куб. м (8,3 ПДК).
По результатам опробования при обследовании одиночных водозаборных скважин в с. Сайлыг, эксплуатирующих делювиально-пролювиальный горизонт и девонскую зону, и находящихся ниже по потоку подземных вод от хвостохранилищ, подземные воды имеют гидрокарбонатный и сульфатно-гидрокарбонатный смешанный по катионам состав с минерализацией 0,63 - 0,71 г/д куб. м, общая жесткость - до 6,8 ммоль/д куб. м (0,97 ПДК), содержание нитратов - до 26,6 мг/д куб. м (0,59 ПДК), мышьяка - до 0,0096 мг/д куб. м (0,96 ПДК). На данном этапе влияние хвостохранилищ на качество подземных вод не прослеживается.
В 2016 г. продолжалась добыча полиметаллических руд на Кызыл-Таштыгском месторождении. Здесь оценены запасы подземных вод нижнекебрийской водоносной зоны на 6-и участках, из них для ХПВ - 1 участок, для ПТВ - 5 участков. В отчетном году добыча ПВ велась на 4 участках. Подземные воды зоны, используемые для ХПВ, по всем показателям соответствуют нормам СанПиН для питьевого водоснабжения.